R.C.历1014年，为了从宇宙输送给地球提供能源的光子电池，地球轨道电梯所在的首都塔成立了首都护卫队。护卫队成员的德蓝森大尉在巡逻中发现了神秘机动战士。虽然在战斗中神秘机动战士被敌对的亚美利亚军夺走，但他成功的救出了从驾驶舱落下的少女拉莱亚·曼迪。

一周后，敌对大国阿美利亚的秘密部队谎称自己是宇宙海盗，用被夺走的神秘机动战士袭击了首都塔的轨道电梯，偶然在场的护卫队候补生贝尔利·杰那姆与德兰森大尉等人合作成功抓获了这台神秘机动战士。被俘获的女飞行员的名叫艾依达，神秘机动战士被她称作“G-self”。这台机体不知为何只有艾依达、贝尔利，还有拉莱亚能启动。

回到地球的贝尔利被派去执行异国来宾欢迎会的警备工作，这时海盗部队为了夺回艾依达而发动了袭击。贝尔利偷偷前往关押地点救出了被卷入攻击的艾依达，并启动了G-self与海盗部队的卡希尔上尉对决。在卡希尔猛烈的攻击中，为保护躲在G-self舱口的艾依达，贝尔利开枪击穿了卡希尔的驾驶舱，但卡希尔的真实身份其实是艾依达的恋人。得知真相后艾依达无法接受这个现实，深深地怨恨着保护了自己的贝尔利。

之后，亚美利亚总统的儿子克里姆·尼克也带部队来袭营救艾依达，艾依达趁乱带着贝尔利、诺雷德、拉莱亚，用G-self逃离了首都塔，返回海盗部队的母舰麦加法纳。

另一方面，首都塔打破了斯科德教订立的不能发展科学技术的教规，利用神秘设计图建造新型机动战士，成立了军事组织“首都军”。首都军命令德兰森和假面男以救出贝尔利为名义出击。但在麦加法纳上的诺雷德和拉莱亚被挟持为人质，为了保护她俩，贝尔利不得不驾驶G-self击退了首都军的伙伴们。艾依达也因为贝尔利的活跃暂时放下了仇恨，勉强的向贝尔利道谢。为了协助阿美利亚军队将要进行的宇宙舰队弹道飞行试验，麦加法纳号作为其诱饵前往宇宙。